El acuerdo 02 de 2007, "Por la cual se adopta la estructura interna y funcional del – FONCEP”, quedando de la siguiente manera:

1. JUNTA DIRECTIVA
2. DIRECCIÓN
   • OFICINA ASESORA DE PLANEACIÓN
   • OFICINA ASESORA JURÍDICA
   • OFICINA DE INFORMÁTICA Y SISTEMAS
   • OFICINA DE CONTROL INTERNO
3. SUBDIRECCIÓN FINANCIERA Y ADMINISTRATIVA
4. SUBDIRECCIÓN DE PRESTACIONES ECONÓMICAS
   • GERENCIA DE PENSIONES
   • GERENCIA DE BONOS Y CUOTAS PARTES